Identification de motifs dans les réseaux métaboliques

Par Vincent Lacroix

Format : false

Nombre de pages : 220

Date de publication : 20/10/2008

ISBN : 9782356076427

Disponible

Livre papier
33,00 €

Livre numérique : format Pdf

Résumé

Cette thèse s'inscrit dans le cadre de l'analyse structurelle des réseaux biologiques. Nous proposons une nouvelle définition de motif dans le contexte des réseaux métaboliques. Un réseau métabolique est modélisé par un graphe coloré et un motif est défini comme un multi ensemble de couleurs (une couleur correspond ici à un mécanisme réactionnel). Une occurrence d'un motif est définie comme un ensemble de noeuds connectés et colorés par les couleurs du motif. Nous proposons des algorithmes pour rechercher et inférer de tels motifs, ainsi qu'un critère statistique permettant de décider si un motif est surreprésenté. L'application de nos méthodes au métabolisme d'Escherichia coli révèle des structures locales répétées. Nous argumentons que ces structures peuvent être interprétées comme des blocs fonctionnels et/ou évolutifs du métabolisme.

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